Luther en zijn vrouw kregen samen 6 kinderen, maar dat waren niet de enige mensen in het huis. Er woonde ook een familielid van von Bona en vanaf 1529 kwamen de 6 kinderen van Luthers zus er ook nog bij. Bovendien had Luther studenten in zijn woning, om de huishoudkas beter van geld te voorzien.

Maarten Luther en Katharina von Bona kregen 6 kinderen: 3 zonen en 3 dochters. Van oud naar jong zijn dat:

• Johannes, 7 juni 1526
• Elisabeth, 10 december 1527; stierf na acht maanden aan de pest
• Magdalena, 4 mei 1529; stierf op 13-jarige leeftijd na een kort ziekbed
• Martin, 9 november 1531
• Paul, 28 januari 1533
• Margarete, 17 december 1534

Elisabeth stierf toen ze nog geen acht maanden oud was aan de pest. Ook Magdalena bereikt nooit de volwassen leeftijd. Op 13-jarige leeftijd stierf zij na een kort ziekbed. Dit had een enorme impact op de familie van Luther.
Begin 1540 kreeg Von Bora een miskraam waardoor zij wekenlang tussen leven en dood zweefde.

Maarten Luther stierf op 62-jarige leeftijd, en liet Katharina von Bona alleen achter met drie zonen en één dochter.

In de zomer van 1552 slaat de pest toe in Wittenberg. Von Bora blijft tot september in Wittenberg om, zoals zij gewoon is, de zieken in de stad te helpen verplegen. Tenslotte vertrekt ze met paard en wagen met haar kinderen en huisraad naar Torgau. Onderweg schrikken de paarden, steigeren en de wagen dreigt van de weg te raken. De nu 53-jarige Von Bora springt van de wagen, wil de paarden grijpen, valt en komt in het water terecht. Als ze in Torgau aankomt is ze verlamd. In drie maanden tijd kwijnt ze weg. Op 20 december 1552 overlijdt ze.

Van de kinderen zijn nog een aantal dingen bekend: Hans voltooide met succes een studie rechten en werd adviseur in de rechtbank. Martin trad in zijn vaders voetsporen en studeerde theologie. Paul studeerde medicijnen en werd dokter. Hij was onder andere de persoonlijk lijfarts van de hertog van Saksen. Daarnaast kreeg Paul zes kinderen. Margarete trouwde op haar 20e met Georg von Kunheim, die stamde uit een rijk, adellijk geslacht.